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Le Musée urbain Tony Garnier est un établissement associatif, fonctionnant grâce à ses ressources propres qui se composent des cotisations de ses adhérents, de la billetterie, des recettes des ventes de la boutique et de mécénat. Le musée bénéficie du soutien régulier de la Ville de Lyon, de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, du Ministère de la culture -DRAC et de GrandLyon Habitat.

L'association "Musée urbain Tony Garnier", reconnue d'intérêt général, est signataire du Contrat d'Engagement Républicain.

Le conseil d’administration est composé principalement d’habitants du 8e arrondissement de Lyon, très attachés à l’ancrage territorial du Musée mais aussi à son rayonnement national et international.